U. C.0097時期，「拉普拉斯事變」的紛爭終結後，2架獨角獸高達被秘密封印，新吉翁殘黨「袖章」也隨之瓦解。就在人類逐漸走出戰爭帶來的陰影之時，失蹤兩年的獨角獸三號機「鳳凰」突然現身，擁有顛覆世界秩序力量的它即刻引發了地球聯邦軍、吉翁袖章殘黨以及路歐商會三方勢力的爭奪狩獵，一場宇宙對決也即將拉開帷幕......