Weir博士重獲新生，McKay博士試圖拯救遭受復制者攻擊後早已成千瘡百孔的亞特蘭蒂斯。可供使用的能源僅可維持24小時，又無法使用星際之門，亞特蘭蒂斯小隊能否再次戰勝世界末日......McKay與Sheppard計劃從復制者的手中奪回ZPM。而與此同時，Samantha Carter會同Apollo正在找尋傳說中遺失的城市--亞特蘭蒂斯。McKay他們的計劃能否成功?Carter能否找到遺失城市的所在?