宇宙世紀0096年、ラプラスの箱＝宇宙世紀憲章をめぐる事件後から數か月が過ぎたころ地球連邦軍は地球圏外に漂う、分斷されたアクシズに調査団を派遣させる。調査団のメンバーには、アルレット・アルマージュとダントン・ハイレッグという二人の民間人も參加していた。彼らはかつて技術者とテストパイロットとして、ジオン公國軍、そしてネオ・ジオンに仕官していたという過去があったのだ。アクシズに潛入した調査団は、誰もいないはずの基地內で強襲を受ける。そしてアルレットとダントンは、想像もしていなかった出來事に遭遇するのだった…。