故事的舞台是在戰爭中被破壞的基地殖民地、飄盪着大量戰艦的殘骸的「Thunderbolt宙域」，宙域是對ZEON公國要塞「A Bao A Qu」的補給道路，為了奪回宙域，地球連邦軍和ZEON公國展開了激烈的戰鬥。地球連邦軍的伊奧·弗萊明少尉等人乘坐GM204F，潛入Thunderbolt宙域，向狙擊手發起了挑戰。