《黑色孤兒》 第二季將以Sarah不顧一切的尋找她失蹤女兒Kira的故事開始。她以其焦土戰術（軍隊撤退時摧毀一切敵軍可利用之物）與支持克隆人的Rachel開戰，使得所有克隆人都處於被分化和受到威脅的境地之中。一旦Sarah發現了更多關於她 的過去的事，神秘的新角色也隨之而來，他們值得信任麼？