故事的開頭如同《迷失》一樣，始於一架即將出事的飛機。在迫降之後飛機上所有人都死於一種神秘的病毒，FBI以及各方調查組介入調查。但這只是故事的開始，接下來FBI的女特工奧利弗-鄧哈姆(Olivia Dunham)和高智商天才彼得-畢舍普(Peter Bishop)將攜手面對一系列匪夷所思的可怕現象。為了阻止危機的進一步擴展，他們將尋求彼得早已疏遠的父親的幫助。而他的父親沃特-畢舍普博士(Dr. Walter Bishop)則一直被精神病院所收留。出院之後，三個人組成的調查小組開始對各種離奇事件進行研究。隨著遇到的事情越來越棘手，沃特-畢舍普博士背後不為人知的一面也逐漸浮出水面。片中出現的一個名為巨能(Massive Dynamic)的前沿科技公司也跟沃特-畢舍普博士頗有淵源，它的創始人曾跟他同在一個實驗室共事。但巨能公司的詭秘行為卻不得不讓人懷疑它跟一...