柯南和小五郎等拉着大隊，來到位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關沉沒於海底的古代遺跡「海底宮殿」，及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說。小蘭和園子不懼流傳，在「海底宮殿」附近潛水時，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運逃難，柯南見那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開調查。　　柯南認為獵人之死，跟寶藏傳說有着莫大關系，他試圖解開背後原因，「海底宮殿」的謎題一直系繞在他的腦海中。他找到了一組神秘名詞「Jolly Roger(海盜旗)」後，滿以為有所起色，獵人卻突然現身，並偷走了原來發現的寶藏！小蘭和園子落在獵人的魔掌之中，性命危在旦夕！隱藏於傳說中的訊息是什麼？「海底宮殿」有什麼秘密？穿越300年時光的暗號，柯南誓要逐步解開迷題