《紅色派系：起源》的故事將沿用游戲的背景和人設：自Alec Mason帶領火星殖民地重獲自由已經過去了25年，而他的妻子被殺，女兒Lyra被綁架也過去了12年，Alec自那時起便已是一名破碎的英雄。他剩下的唯一的兒子，Jake Mason，現在已經成為了紅派民兵(Red Faction Militia)的軍官，當他發現12年前被綁架的妹妹至今還活着時，他的世界被顛覆了。 　 即使有新的敵人蜂擁至火星，但Jake依舊決定去尋找他的妹妹，但他發現Lyra現在卻成了敵對勢力的一員，一個冷血的戰士，發誓要毀掉紅派(Red Faction)。Kate Vernon將飾演The Matriarch，入侵者的族長。