反恐特戰隊隊長鍾原在執行任務中，擊斃猛獁組織二號人物引來復仇。在解救妻子趙欣的行動中鍾原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事長江寒邀請初戀情人、生化專業高材生的趙欣及其父親參加公司「有益菌」研究。反恐指揮中心根據T國請求選派「專家」潛入公司。痛失愛子的趙欣主動請纓「退出現役」、深入虎穴。接二連三的恐怖事件，使「新紀元計劃」逐漸浮出水面。被病痛折磨的鍾原率領喬大鵬、麥萌萌等特戰隊員絕地出擊，在愛妻趙欣和五年前「失蹤」的戰友陸豪的配合下，成功粉碎了恐怖組織連環陰謀和生化襲擊，揭開了江寒以「有益菌」為載體制造病毒的真實面目。