「思い出して、翅（はね）があったころのことを」　　1萬2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。　　太陽と月と火星が出會うとき、新たな合體の調べが流れる──！　　湘南の海に浮かぶ小島、江の島。　　美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島學園〉はある。　　學園には、全國から優秀な子どもが集められ、　　最新の機器を使った英才教育が施されていた。　　特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、　　感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、　　謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。　　戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。　　「想星合體！　GO、アクエリオン！」　　繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。　　宿命を背負った少年少女は、　　得體のしれない団體〈宇宙たまごの會〉や大人たちの思惑が交錯す...