時光飛逝，物換星移，關外神鷹霍飛騰之子(山野大藏)帶著師傅臨終囑托從東瀛來到中原。在濟南城，約戰了白三空。為達到不可告人的目的，白三空將計就計，利用和大藏的比武「詐死」。 一段悲痛之後外孫方寶玉決心努力學武，為外公報仇，於是前往渤海之濱面見紫衣侯。途中卻被白水宮的王大娘抓住，酒樓外，天真聰明的寶玉施計讓第一次來到岸上看什麼都好奇的奔月救了自己，經歷了偷馬等，兩人漸生情愫。
　　武林豪傑們為了各自的目的都來到了渤海之濱面見退隱江湖的「天下第一劍客」的紫衣侯。與寶玉走散的王巔之女珠兒在一座破廟中遇到了無意間被一小孩刺傷的大藏，一路相處下來，兩人漸漸有了說不清的感覺。
　　五色帆船上，脫塵獻上汗血寶馬，希望紫衣侯能夠去大宛國當國師，被紫衣侯一口拒絕；青木堡少主木郎神君向紫衣侯求取解藥也被拒絕；只有「黃河狂俠」王巔幾經勸服了紫衣侯為中原武林和大藏比武，最終大藏因下盤不穩中劍落入大海。
　　見過白三空書信的紫衣侯收留了方寶玉後，一行人悄悄潛回侯家老宅。寶玉不滿紫衣侯對待自己的方式，偷偷逃走了，任性倔強的奔月也隨之一同離開。
　　對脫塵一見鍾情的木郎，從李子原等人手中解救了脫塵，二人一同趕回青木堡。被白水聖母搭救的大藏得知白水宮即將襲擊青木堡，便風塵仆仆趕來。原來，在趕往渤海之濱的途中大藏與木郎已經建立了兄弟般的感情。
　　離開渤海之濱後珠兒跟蹤王巔被發現，僥幸逃脫後的她遇到了大藏，興奮不已。大藏仍舊不放棄師傅尋找中原名劍的囑托，約戰赤松道長。而此時，隱藏在幕後的白三空與偽君子王巔商議設計讓赤松敗於大藏手下。交手後，大藏雖然殺了赤松，可是仍沒有拿到「赤霄寶劍」，而且也身受重傷。「武林正派」人士前來追殺大藏，白水聖母再次搭救了他。看著昏睡中的大藏，假扮白水聖母的白艷燭情不自禁地憶起過往和霍飛騰的相識。
　　發現有人跟蹤，紫衣侯決定並分兩路，由紫衣侯引開敵人，稍候在關外與寶玉、奔月匯合，解開寶玉的身世之謎。途中寶玉、奔月在危難之際被「酒肉池林」的金祖揚搭救。
　　關外草棚內，李子源乘金祖揚和寶玉不在，把奔月給虜走。為救奔月，寶玉在金祖楊的指點下練就了蓋世神功。
　　大藏和珠兒假扮道人潛入白雲觀准備將木郎和脫塵救走，卻被武當眾人圍住，珠兒施計讓眾人脫險，自己卻被逮住。王巔讓女兒為他臥底在大藏身邊遭到拒絕，便下在珠兒體內種下了蠱惑。
　　奔月在被帶往白雲觀的途中被晴天大師所劫。為救奔月，寶玉追至少林。就在此時，少林晴空大師被白三空所殺，並嫁禍於武當。白水宮再次攻打青木堡，大藏、脫塵、木郎又一次被擒，並且暫時加入了白水宮。為救珠兒大藏決定再上白雲觀，白水聖母也同意協助。
　　眾豪傑為選取新的武林盟主齊聚白雲觀，為緩解各方矛盾，最終決定由方寶玉出戰大藏。這一切也正是白三空、王巔等人一手策劃的。然而這一戰讓珠兒和大藏、寶玉和奔月幾位年輕人的感情陷入了無法收拾的僵局，王巔卻登上了武林盟主之位。一些跡象讓紫衣侯、金祖楊開始懷疑白三空和王巔等人。
　　為救受傷的大藏和中毒的珠兒，紫衣侯和白水聖母，寶玉和大藏暫時放棄了過往的恩怨。寶玉帶著珠兒去解毒，金祖楊提醒解毒後珠兒將失去記憶，珠兒害怕忘記大藏，偷偷逃走了。王巔表示要號令武林人士剿滅魔教，白水宮危難在其。紫衣侯在女兒奔月的請求下，留下來與白水聖母等共同迎戰。一場激戰後，大藏和木郎已經與大伙走散了，聖母和紫衣侯等人被逼進入沉香谷。為救脫塵和奔月，紫衣侯、聖母嚴重受傷，紫衣侯的溫情讓白艷燭感動，決定揭開面具。
　　為找到珠兒的寶玉在白家老宅遇到了木郎，對他產生了懷疑，一路跟蹤，發現木郎竟是朝廷的鷹犬。木郎擺脫不了寶玉，便對他下毒手。逃亡中的寶玉在沙漠中遇到了迷路的脫塵和奔月，奔月見到寶玉兩人既興奮又因白雲觀上的事情仍不能釋懷。走出沙漠後，三人發現到處都是抓捕寶玉的通緝令，寶玉說出木郎的真正身份，脫塵並不相信。直到三人被擒，脫塵悲痛欲絕。
　　木郎威逼利誘寶玉效命朝廷，為了奔月寶玉暫時同意了。寶玉奔月出獄後，遇到了受傷的白艷燭和紫衣侯，同時也知道了自己的真正身世。一時間難以接受紫衣侯就是自己的殺父仇人，寶玉便帶著奔月離開了。他們在庵堂見到了已經失憶的珠兒和無意間發現珠兒而留下來的大藏。四人相見，不免又勾起了過往的恩恩怨怨。就在此時，奔月被木郎再次綁架了。木郎給了寶玉三個月的期限，拿白艷燭和紫衣侯的人頭救奔月。此時，紫衣侯和白艷燭二人為尋找寶玉、奔月前往了雲南，在酒肉池林，寶玉、金祖揚、紫衣侯、白艷燭再次相遇。
　　為了尋找寶劍，珠兒跟隨大藏再次上路，途中發現了李子原，他們一路跟蹤，遇到了寶玉。三人決定跟隨白三空找到木郎救出奔月。
　　感覺到木郎等人很快就要來到，金祖楊、紫衣侯和白艷燭決定前去尋找劍閣，保護天下名劍。
　　眾人都齊聚到了傳說中的羅雅古城，為此所有恩怨都要在這里了結，一戰惡戰就這樣展開了。千鈞一發時刻，木郎神君死在了心愛的女人的劍下，脫塵也悲涼地自殺了。大藏和寶玉面對二人原來是同母異父的親兄弟，心情復雜。
　　三個月後，寶玉，大藏在劍閣前一場決鬥。沒想到大藏的「長光」被寶玉砍斷，里面露出師傅左佐木次郎的遺書，講出了大藏的身世之謎。
　　大藏終於將「幹將、莫邪」兩把寶劍送回給了他的親生父親：霍飛騰。遠處看到這一切的寶玉和奔月高興上路，向未來奔去。