《國旗阿媽》講述的是某眼科醫院由組長華靜芳（王姬飾）、主任夏光（周野芒飾）等一行多人組成的醫療小組入藏進行白內障醫治工作的故事。藏族老人次仁曲珍的事跡讓醫療隊成員無比敬佩，這位老人在自己家的院落中每天升國旗，四十五年從未間斷，被稱作是「國旗阿媽」。醫療小組的成員為了能給老阿媽做手術遭遇了種種挫折和意外，最終齊心協力，使阿媽重見光明，在這個過程中，醫療小組的成員們都經歷了一次精神洗禮。